36  Jupyter

36.1 启动

screen -S jupyterlab sudo jupyter lab --allow-root --port='8888' --ip='*' --notebook-dir='/www/wwwroot/www.mmphcrc.com/pdf/jupyter'

36.2 转换

  • 转换至html文件
jupyter nbconvert --to html /www/wwwroot/www.mmphcrc.com/pdf/jupyter/R学习/R-for-data-science.ipynb  --output-dir=/www/wwwroot/www.mmphcrc.com/pdf/jupyter/R学习/

36.3 内核

36.3.1 Julia内核

36.3.1.1 安装Julia及内核

  1. 从https://julialang.org/downloads/下载julia安装包：选择linux x86架构的包。

  2. 上传至任意一个文件夹，通过宝塔上传最快。

  3. 解压即安装

sudo tar -xvzf julia-1.x.x-linux-x86_64.tar.gz -C /opt/
  1. 建立符号连接

相当于windows的环境变量，这样在终端输入julia即可打开julia

sudo ln -s /opt/julia-1.x.x/bin/julia /usr/local/bin/julia
  1. 设置国内镜像源，如北大源

/opt/julia-1.10.0-rc2/etc/julia加上以下代码

ENV["JULIA_PKG_SERVER"]="https://mirrors.pku.edu.cn/julia/"
  1. 安装IJulia包

julia

using Pkg
Pkg.add("IJulia")
  1. 打开jupyterlab，即可新建Julia内核

36.4 显示

36.4.1 显示超链接

from IPython.display import display, HTML

display(HTML(df.to_html(escape=False)))

36.4.2 显示Markdown

from IPython.display import Markdown
import os
from urllib.parse import quote


file_folder_path = 'data/manuscript_data/旧手稿'

file_list_str = "\n\n".join([f"- [{f}]({file_folder_path}/{quote(f)})" for f in os.listdir(file_folder_path)])

# print(file_list_str)


display(Markdown(file_list_str))

36.5 问题与解决

36.5.1 渲染效果出错

如： DT生成的交互式表格渲染后不可见。

原因： 在jupyter lab里操作qmd文件，会自动加上jupyter的yaml设置，并且是隐藏的，导致渲染跟Rstudio里的quarto render路径不同，不能正常显示交互性表格。经实验发现，跟yaml里的jupyter设置有关，故需要删除这部分yaml设置。方法详见：https://www.mmphcrc.com/books/pyln/script.html#%E5%88%A0%E9%99%A4yaml%E7%9A%84jupyter%E8%AE%BE%E7%BD%AE